在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

研究方案结果显示

1、从光敏培养教育体细胞中分离出来DNA热塑蛋清质

考虑到分离工作光热塑蛋清质-DNA复合型物中用LC-MS解析，创作者开发设计没事种变形纯化设计方案，可从DNA中去必须热塑蛋清质，仅在阳光照射时凭借会直接DNA组接触到丰度DNA热塑蛋清质。用TRIZOL添加刺绣质并洗去执行死刑获的非热塑蛋清，而后将其重复溶水以开展RNase消化吸收酶。凭借超声清洗切剪所获资金蛋清质热塑DNA的添加物，在硫氰酸胍中烧沸变形，并在二防氧化硅离心法柱上急剧洗衣以去必须热塑蛋清质随后顺利完成。凭借核酸酶工作从DNA中减少光热塑蛋清，并开展胰蛋清酶消化吸收酶中用LC-MS解析。该方式 命名为为蛋清质热塑DNA添加或XDNAX。

图1.营养素质热塑DNA取出或XDNAX注意事项图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可间接接觸DNA的氨基酸质图谱

将光交连的办法选用于MCF7人体组织，找到了1,805种待选球球球氨基酸，各举1,191种来源于于3个或更加次重复使用中。60%的DNA能够 用途组带着核酸紧密融合的GO注音，在贫乏核酸紧密融合注音的球球营养物质中，极限的贡献奖出自核纤层球球球氨基酸，后者是操作固色质团队和人体组织裂变的球球营养物质（图2）。

图2 . 可可以直接遇到 DNA 的血清质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3整理了DNA相护做用组所蕴含的蛋清质-DNA接面基本带有的核苷酸化学交联肽。这包涵随着（1）球状DNA配合组成部分域、（2）DNA 配合起居不规律区（IDR）和（3）随着与其它蛋清质（举列组蛋清配合蛋清）、RNA（举列剪接成分）或相区分区室（举列核仁蛋清）相护做用而引致的情况近乎。

图3 . 可单独接触性 DNA的结构类型域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、化学发光法受损细胞扰动时间与DNA融合的转录成分

雌生长肾上腺素感觉α（ESR1）驻留下来胞质溶胶中，也许会碰到其配体，闪避易位到神经元质核，在一边它与表观遗传组中的不同位置综合以激发不同的转录流程。将血清饥饿的MCF7神经元质露出于高服用量雌生长肾上腺素（10 nM 17β-雌二醇）4两半个小时，与模拟训练操作的照表神经元质较这些的DNA能够 能力组（图4A）。中仅，雌生长肾上腺素促进后DNA能够 能力组中的ESR1增高了30倍（图4B）。总的说，在1,814个参考值的血清质-DNA能够 能力中，约有9%显示信息出大于2倍的重要发生变化，并观察动物到与ESR1兼具能够 能力的血清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌抗生素治理 乳腺炎癌内部 DNA 互为意义组的参考值会比较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人总结

调查進入dna组的核营养物质以掌握它是是如何被载入并付诸现实的，一直都在是科学理论钻研人士某个暂时的最求。dna组可及性通常以DNA为平台的角度来进行调查，同时，到现在即可，脱色质抑菌凝胶中的什么核营养物质与DNA 再次发生热学完美功效尚不明确。采用零远距离光化学交联，可遇到DNA完美功效组中的大部份数核营养物质，XDNAX技术工艺将成为核营养物质-DNA完美功效调查的强 用具。

拜谱总结ppt

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的淀粉酶质组学、绘制组学、代谢转化组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

考虑资料：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.