
单细胞测序技术正在革命性地推动我们对生命复杂性的认知,然而其高昂的每样本成本和技术复杂性,限制了其在更多实验室和更广泛物种中的普及。尽管多重样本标记技术能有效“降本增效”,但现有的方法往往受限于表面抗原植物物种特喜欢的人、寡核苷酸表达生产成本昂贵或进行操作具体流程复杂的。近日,南方海洋科学与工程广东实验室(广州)的陈凯副教授项目团队在Journal of Genetics and Genomics上发表了一项创新性方法学研究,提出了一种名为HEATag的新型样本标记策略,为我们提供了一个低代价、跨动物群、全工作平台兼容的全新解决方案。
论文期刊简单
Journal of Genetics and Genomics (JGG)是由国国数技术学校隔代基因遗传性病与大生物体制品技术学深入分析所和国国隔代基因遗传性病懂得举办的国家科研杂志杂志,本着打造于通讯稿寿命数学和中医药学隔代基因遗传性病学行业的原创设计性深入分析结果。JGG 202四年度应响指数7.1,Scopus科研杂志杂志测评的指标CiteScore 9.9,稳居JCR 202四年度GENETICS & HEREDITY行业Q1区(Top 10%),BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY行业Q1区,稳居国国数技术学校杂志杂志磁盘分区生物体制品技术学几类1区(Top杂志杂志),隔代基因遗传性病学和什么是生化与大分子生物体制品技术学小类双1区。BIOPROFILE
任何是HEATag
巧用的“二一体化”设置
HEATag是由凝集素和HUH内切酶购成的融和蛋清
「固定器」模快 - 凝集素
能够识别细胞膜上广泛存在且高度保守的糖基化修饰语(如GlcNAc和Neu5Ac)。
「连接方式器」组件 - HUH内切酶
可以序列特异性地与普通的、无需化学修饰的单链DNA(ssDNA)检索条状码做共价无线连接。
“1+1>2”的的效果:将两者融合,得到的HEATag蛋白既能通过凝集素牢牢锚定在细胞膜上,又能通过HUH蛋白携带特定的DNA条形码进行范本标记符号与溯源系统。
Fig1: HEATag许多标上机制举手图
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实际检验员
HEATag到达 有可以打?
能能在不同于状态下,保证 母乳喂养爬行动物細胞核系单細胞核混样测序
实验室里的设计再精妙,也要经过真实样本的 “实战考验” 才算数。研究方案人员为 HEATag 安装了多轮 “有压力自测”,从神经元系到神经元核,从常温的到低温环境,从新鲜样例量到加固样例量,全坐向认可它的平稳性和不靠谱性。
首个轮测试方法根据辅乳期动植物受损受损受损细胞系:科学研究拜谱生物取舍了产于人、鼠、仓鼠这三个种群的多种受损受损受损细胞(HEK293T、K562、MEF、CHO),在室内温度下要 HEATag 标示后混测序。最后回收并的 11447 个受损受损受损细胞中,85.66% 都能确认 HEATag 长条码准确性适应到原种群,范本间交差污染源很少,UMAP 聚类分析一下法分析一下更为可以直接单位证明,HEATag 长条码与种群活性聊天dna组基本特征较高一样。 接下来,软件测试标准进1步升极:實驗的人员战胜困难在 4℃下标出图片最新度上皮神经元膜、在恒温下标出图片甲醇不变上皮神经元膜,恐怕单独标出图片上皮神经元膜核。效果即使鲜亮:所有的标准下,范本价签与种群数据信息均兼备不错的想关性,转换精准率超 95%。殊不知甲醇不变会以至于严重的转录本对称污染源,上皮神经元膜核分离纯化会产生一点 RNA 掉失,上皮神经元膜类型的的注脚效果即使与最新度范本确保不一,表明 HEATag 是可以标出图片各不相同操作标准下的實驗范本。
Fig2: HEATag 可在不同于要求下成功单组织细胞转录组混样深入分析
才能标上乳期节肢动植物和海洋环境无脊柱节肢动植物的原代组织细胞
如若说生殖細胞系测评是 “基础框架题”,那组识样品即是 “附带题”, 这个样品一般因生殖細胞方式繁杂、氛围自主性性非常规,称为箭头技術的 “重问题”,而 HEATag 恰恰舞在这个 “重问题” 上显现了优势可言。研究团队选择了大鼠和小鼠的睾丸组织性,这类样本包含精原干细胞、精母细胞、精子细胞等多种类型,对标记一致性的要求极高。实验中,两种动物的睾丸用特异性 HEATag 条形码标记后混合测序,最终获得的 14663 个细胞往往能被较准区分处理,很多核心细胞膜类型、的聚类分析法结局都比较清楚可辨。
更令人惊喜的是HEATag对浮游生物制品生物制品的配适性。HEATag能在海水的等渗溶液中标记新鲜的海洋动物细胞(如海月水母、大西洋海刺水母)。研究人员用人工海水稀释的HEATag 标记了水母和珊瑚的组织细胞后在 BD Rhapsody 平台测序,最终回收的 6452 个细胞中,HEATag 条型码与种群转录组享有较高同步性,不出现了因高盐情况诱发的 “标识丧失”。后续对甲醇固定的海洋生物细胞测试结果显示,HEATag 在固定样本中的拆分效果优于新鲜样本。
Fig3: HEATag 可实现了哺乳期间哺乳动物组识模本很多 scRNA-seq 分折
Fig4: HEATag可完成新鲜度浅海无脊椎骨两栖动物众多 scRNA-seq 具体分析
HEATag与肿瘤细胞的根据也不会因起转录组的为显著改善
对样本标记技术来说,“不影响样本本身的 RNA 特征” 是底线。研究团队将来自同一供体的等量的 HEATag 标记细胞与未标记细胞混合测序,对比两者的 RNA 质量、基因捕获数量和细胞组成。结果显示,标记组与未标记组的 RNA 质量没有明显差异,捕获的基因数量基本持平,UMAP 图谱显示两组样本的细胞组成高度相似,转录相似性更是维持在高位。无论是细胞簇的注释结果,还是不同细胞类型的基因回收数量,两组都几乎一致,没有出现 “标记导致的基因表达异常”。这意味着,HEATag在达到标签钓鱼任务的同一时间,不是对事件的转录成分析造干涉,切实保障了研究探讨数据文件的真人性。
Fig5: HEATag不能印象样版的 RNA 展示策略
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末来可期
HEATag 能为单细胞膜探讨给我们什么东西?
HEATag 的价值观,远不仅仅于 “防止记号事情”,它的灵几丁质酶高性和普遍性,正为单上皮细胞实验点击许多也许 性
从应用消费场景来
HEATag 能包括从 “是比较简单是比较介绍”(如癌公司化性与通常公司化性、药剂补救与相较比较)到 “大市场投资额教育科研”(如公司化性内部膜图谱画制、高通芯片量挑选)的全面积需求分析。跟随 PIP-seq、Stereo-cell 等新型产品可拓张方法的趋势,HEATag 还能进一步的骤增强单内部膜教育科研的通量,动力教育科研组织积极开展较大市场投资额的大型项目。从跨业务领域空间去看
HEATag 除了采使用于转录组学,还能与表观表观遗传组学、淀粉酶质组学、余地组学等工艺切合,使用定做字段和寡核苷酸回文序列,HEATag 应该轻松自由日常化各种不同的组学流程步骤,不导致手机信号驯服深层。互相,依托于HEATag还应该壮大单组织细胞糖组学探索工艺。BIOPROFILE
协议情况
拜谱动物与陈凯老师完成率开始合作协议有意愿
值得一看注重的是,在 HEATag 技术用途性用途展现什么出大用途优势的题材下,拜谱生态学学已与我国南部海洋资源生态学合理与工程项目湖南省测试室(西安)陈凯讲解达到最初加盟购房意向。另一方筹划环绕 HEATag 技术用途性用途的工业化落地实施、科技转换成等的方向拉开程度合作,促进推动相应科学规范率价、跨种群的单肿瘤人体细胞系标记符号技术用途性用途更快用途于具体科技动画场景,为很多测试室打造科学规范、实惠的单肿瘤人体细胞系探讨产品,动力科技事情者在肿瘤人体细胞系生态学学学、海洋资源生态学生态学学学、疫情制度等业务领域有很多超越