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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已屏幕上显示出广泛的的微生物亲水性，分为抗癌肿和身体毒目的。一般，三萜是实现甲羟戊酸渠道自动合成的，并从绿色沉水植物和病菌中去除。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上先生发表了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探究毕业论文。该探究察觉三萜类有机物灵芝粉粉酸（GA）是根据液體养成的无柄灵芝粉粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的动物导出生成的。顺利通过转录组和蛋清质组学枝术进三步探险无柄虫草菌丝体中DHT生成这两种虫草酸（GA）的新机制，并跟据两组学枝术测试到的差别的染色体和差别的蛋清，预测出DHT 动物分解 GA 的方法。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和作用分级

实现对无柄虫草念珠菌菌丝体对其进行转录组测序共到67230个转录本和1429八个单人类什么是表观遗传。在那些单人类什么是表观遗传中，493个被技术鉴定为地域差异描述人类什么是表观遗传（DEGs），这在当中213个描述上浮，279个描述变动（图1A）。GO聚集定性研究分析后，DEGs划分动物步骤（BP）、人体肿瘤细胞含量（CC）和原子功能模块（MF）3类。在BP类型中，展现了前5个子类型：消炎药分解的基础消化吸收步骤，冰醋酸盐基础消化吸收步骤和甲酸盐基础消化吸收步骤;而在CC类型中，人体肿瘤细胞外区、突触分手后复合体、突触格局是前5个亚类。相对MF类型，甲酸脱氢酶（NAD）活力性、空气氧化复原酶活力性和酸氨（或酰胺）接酶活力性是前5个亚类型（图1B）。在DEGs的KEGG警报环路定性研究分析中，前30条聚集度最多的警报环路中含27条是属于基础消化吸收，这在当中二氧化氮基础消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐基础消化吸收、丙酸盐基础消化吸收警报警报环路相关系数聚集（图1D）。

图1|转录多组分析和工作类型

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

用对无柄野生灵芝病菌菌丝体去核血清组学探讨，共设设定了16,457种特殊肽、2606种核血清和2588种按量核血清。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的选择经济条件下，于这2606种核血清中，94种被鉴定结论为性别差异化展现核血清（DEPs），在当中52种调涨，42种调整（图2A），图2C屏幕上表示了性别差异化展现核血清的聚类研究探讨热图。从GO探讨看来，BP等级分类屏幕上表示，太多半DEPs参于醋酸钠盐基础分解代谢率转化转化进程、抗菌素降解基础分解代谢率转化转化进程和药剂降解基础分解代谢率转化转化进程。CC类DEPs在細胞外区、过金属脱色物物酶体和微体中平均水平高，金属脱色物抹除酶催化化学活化和甲酸脱氢酶（NAD）催化化学活化在MF类中DEPs的占比高（图2B）。与转录组最终相近，KEGG手机信号径路探讨屏幕上表示，很多的DEPs在基础分解代谢率转化转化中丰度，在当中3条最丰度的经由是光合微生物体中的碳紧固、碳基础分解代谢率转化转化和MAPK手机信号手机信号径路（图2D）。还有，用探讨GO参数库的CC对DEPs去亚細胞定位功能探讨和标注（图2E），DEPs最主要的的生长在細胞质（40.66%）、細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），策略上是GAs微生物体组成的最主要的的地位。

图2|核营养物质组的按量剖析和性能查验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物转化率和對照组得票率DEGs和DEPs设计制作了维恩图，有20个对比浅析表答染色体遗传组（图3A）。对转录组和核氨基酸酶质组中E组和C组通用的DEGs/DEPs实施聚类浅析法浅析，发掘mRNA和核氨基酸酶质之間有12个上涨染色体遗传组和2个降低染色体遗传组，DEGs与他译文资料的DEPs表答水平方向呈正相应的，基本概念Pearson的相应的比率浅析，在转录组和核氨基酸酶质组之間测试到相对的较高的相应的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检则的结果表现表现，E组和C组1一个DEGs的理解层次差异性相关性，这其中9个为调涨DEGs，6个为下降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的理解发展与转录成分析的结果表现不对。

图3|血清质组的按量定量分析和的功能安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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