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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿设备最易见的慢性病之五。肾进行中CaOx晶胞过是处于饱和状态岩浆岩会引发肾小管细胞膜损坏和凋亡,而引发肾结石的演变成。短链碳水化合物酸由肠子内活性污泥革兰氏阴性菌发孝营养健康黏胶纤维产生,一方面在部分区域肠子防御平台中树立影响,又很在设备水平方向上也树立最为关键的影响。其中的,丁酸是最多样的短链碳水化合物酸,包括消除炎症和免疫检测压制影响,本的研究浅析丁酸对CaOx肾结石的影响试述内在的靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山卫生院泌尿普外吴忠教导、周子健博后于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠讲解、周子健搏士在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生物学与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了系统临床药理学服务项目,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

经典文章简称:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 的客户公司:华山医疗 实验人群:大鼠、HK-2体细胞 分组名称产品信息:对比组(Con)、三维模型组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱提高枝术:在线药剂学学探测

要点环节图

科学研究没想到

探析人工第一步打造大鼠沙盘建模 ,经过身体生物化学公式和集体病检学染色法等探析方式方法得知丁酸能够 才能减少CaOx沙盘建模 大鼠肾CaOx晶状体的演变成和神经破损,促进CaOx沙盘建模 大鼠的炎症病变神经破损和脱色物料的太过展示。再者,丁酸还有抑制性草酸诱骗的HK-2人体神经元神经破损、脱色应激状态和人体神经元凋亡。 为探究性学习丁酸空间框架和靶表观遗传网,探究关与于的人员从PubChem抓取丁酸和丁酸酯的二维和三维图空间框架(图1A)。在PharmMapper信息库和Uniprot信息库治理 后共选择出11九个丁酸靶表观遗传供进步研究介绍。将表观遗传祥细信息导进STRING信息库,实现PPI网研究介绍。Cytoscape写出了排列顺序的前20的交通交通核心区站靶表观遗传的祥细网图,例如CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。这部分交通交通核心区站表观遗传与网中的其余表观遗传均成绩出必然的关与于的性,说明书这部分表观遗传或许推动出来着信息化影响。GO和KEGG研究介绍具体分析了丁酸交通交通核心区站表观遗传的关与于的路线和菌物学的功能(图1C)。交通交通核心区站表观遗传最通常与类固醇的性激素回复、空气被氧化应激性状态回复、可溶性氧人体细胞对类固醇的性激素激发的的反响并且 对弱酸性耐腐蚀类物质的的反响关与。总而言之综合上面的分析我们可以看出,这部分交通交通核心区站表观遗传最通常参予了空气被氧化应激性状态和对可溶性氧的菌物的反响时候,是肾结石建立工作机制中至关非常关键性的路线,这体现了丁酸或许在肾结石中推动出来非常关键性影响。

图1| 丁酸机构与靶人类基因wifi网络研究(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进每一步挑战丁酸对CaOx肾结石更何况切靶DNA,设计人工成本应用GEO数据表格表格库对GSE73680中身心健康對照与CaOx肾结石患病者的DNA距离对其来进行了设计。對照组与CaOx结石患病者的有明显性距离表明DNA(DEGs)检查标准规定为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共淘汰到3783个DNA发生有明显变换,在这其中3379个(89.4%)DNA表明调涨,404个(10.6%)DNA表明上涨(图2A)。对DEGs对其来进行聚类算法算法深入分析,热图显现了前10个被选中DEGs的二维层次聚类算法算法优点(图2B)。然后,设计人工成本经由GeneCards数据表格表格库人工成本鉴定会了370个将与CaOx肾结石对应内容的DNA,排列前20位的預測DNA以及对应内容性评估如图甲如下2C如下。至关重要在于找见丁酸疗法CaOx肾结石的至关重要靶点,设计人工成本将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石对应内容DNA清理有半个个Venn图。既定,CYP2C9被确保为丁酸影响到CaOx肾结石的风险靶点(图2D)。与此同时,设计人工成本还对其来进行了丁酸与CYP2C9的分子结构接管,CYP2C9的六个有机酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸能够 目的,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在根据网上临床药理学估计CYP2C9是丁酸印象CaOx肾结石的靶DNA后,深入分析者还根据神经细胞核实践确认了CYP2C9可调低草酸帮助的HK-2神经细胞核的ROS水平面、慢性炎症直接损伤和凋亡。

图2| 大多据库联动解析分析CYP2C9是丁酸用于CaOx肾结石的靶基因遗传

实验数据

本实验英文第一个看到丁酸在离体和内部均能克制CaOx肾结石实体模型的空气被氧化应激性性和真菌感染磨损,己经进行无线网路药学学建立取到丁酸干扰CaOx肾结石的暗藏靶点——CYP2C9,第三进行生殖体细胞实验英文否认CYP2C9在草酸盐诱导性的HK-2生殖体细胞ROS层次、真菌感染磨损和凋亡。这样看到表达丁酸可能会进行克制CYP2C9来克制CaOx肾结石的空气被氧化应激性性,解决真菌感染磨损。某些步骤中拜谱微菌物保证了无线网路药学学技木的精准服务,不仅如此拜谱微菌物可提高自己成长加强制度建设的遗传基因组学、球高蛋白组学、基础代谢组学等几组学设备及技木的精准服务,青睐致电的方式服务咨询! 参考使用学术论文:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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